宗萨康谢五明佛学院的起源：最早是由第一世蒋扬钦哲旺波和秋吉林巴依照授记「如在康谢平地建一个讲修院的话，将对佛教产生极大的利益」所言。于1871年藏历4月在钦哲旺波的指示下建造一座有六根大柱的大殿，内置三怙主佛像，其它还有厨房、围墙等建筑，取名「三怙主殿讲修兴盛院」。钦哲旺波并在此地讲授《心性修息》担任第一任堪布，第二任米滂，第三任土登曲极扎巴，第四任蒋扬却吉洛珠，他们在这里和宗萨寺讲传显密教法，是康谢佛学院正式成立前的四任堪布。

1918年，第二世蒋扬却吉洛珠将原有的大殿扩建成弥勒殿，内部塑有一尊32米高铜制金饰的弥勒佛并增建校舍等，至此佛学院正式成立。第一任堪布·贤噶，任期二年；第二任温德·钦绕，任期十年；第三任蒋扬迦称，任期一年多；第四任察雅·洛珠五年；第五任德雄·曲丕五年；第六任康玛·仁青三年；第七任多色·土登八年；第八任麦朗·当曲五年；第九任察雅·钦绕僧格约三年。佛学院里共有一百多名学僧生，其中有五十名正式生可以领取生活费，其它是加上旁听生共有一百多名学僧生，早期学院的纪律源自于印度那栏陀学院，所以非常严格，现在随顺时代变迁已有所调整(这部份另有详文介绍)。
佛学院的必修课程有《毗奈耶》三百颂与四百颂、《别解脱经》、《根本说一切有部毗奈耶花蔓》、《律经根本律》、《入行论》、《中论》等中观六论、《中观四百论》、《入中论》、《中观庄严论》、《集量论》、《释量论》、《定量论》、《量理宝藏论》等、《阿毗达摩集论》、《俱舍论》、《释迦牟尼佛密意论》、《弥勒五论》、《三律仪论》及增补、《自性大圆满道支分三律仪论》、《续部概论》、《喜金刚》、《现观树》等显密经论。选修课程有文法、诗学、星算、梵文等声明。
佛学院毕业的校友中有80多位闻名于藏、印等地，创办24所佛学院，有关他们的介绍请参阅康谢佛学院的详细校史。

1958年，佛学院全毁。

1986年9月22日全国人大副委员长班禅大师视察康区时，亲自批准康谢佛学院和宗萨寺小学恢复办学，并为佛学院题写校名“宗萨康谢讲修兴盛学院”。同年藏历9月22日佛学院成立于宗萨寺的阿日宫，以阿日宫的佛堂作为上课教室，并借用宗萨寺的僧房充当学僧宿舍。

1989年，佛学院在第三世蒋扬土登曲吉佳措等人的经费资助下，于原来的废墟上重建大殿和校舍，同年10月8日佛学院从宗萨寺迁回原址。

1994年，乌金多加活佛出资扩建校舍。

1995年，甘孜州宗教局和德格县宗教局正式批下2号文件准许佛学院办学，并命名“德格宗萨康谢五明佛学院”。

重建之后的第十任堪布贝玛当却，任期五年；第十一任堪布土登然萨，任期六年；第十二任堪布泽登正于任期中，目前佛学院的校务与教学就由以上三位堪布共同担任。现在佛学院的课程部份除了以重建前的课程为本外，再又依第二世蒋扬却吉洛珠的主张增设《幻化网密续》、《智能道次第心要》、噶举派的《甚深内义》、《喜金刚续》、《续部讲义》等的教授，《道果》、《大圆满》和《大手印》等见性成佛的甚深讲解则由堪布于自宅中给予个别指导。
本校共有五个系别所以称为五明佛学院。工巧明系设有唐卡绘画、塑像、彩绘、陶器、木刻、金银锻造、青铜塑像等七个班，目前共有学生85人，老师8人，都是在家身分；医方明系有医学班与星算班；声明系有梵文班与藏文班，藏文班的课程是文法与诗学；因明系有普通班与深入班；内明系有戒律班、中观普通班与深入班、般若普通班与深入班、密续班、俱舍论等七个班。

佛学院的师生从恢复办学时的60多人增至现在的400多人(其中有堪布14名、老师8名、学生390名，学生来自四川、西藏、青海等89所寺院，其中萨迦派64所、噶举派14所、宁玛派10所、苯波教1所)。既往的毕业生中人才济济表现卓越，共有65名堪布(目前有33名堪布在33所佛学院中任教，其中的24所佛学院正是这些堪布创办的，另有寺院堪布32名)，他们创办德格更庆寺、鄂尔寺等24所佛学院。

最后诚挚地感谢第三世蒋扬土登曲吉佳措、阿根活佛的援助组织、章扎基金会与其它所有资助者给予佛学院师生的生活补贴。